Desa Pongko terbentuk diawali dengan dipertemukannya Nurdin Kusu dengan kepala desa salutubu dengan sekertaris desa atas prakarsa rahman bahri selaku camat pada saat itu yang berkedudukan di desa bolong pada tahun 1988.hasil tindak lanjut dari pertemuan di kantor desa salutubu yang dihadiri oleh 4 kepala desa yaitu abdul wahid selaku kadus pongko,sibomba kadus makawa,sony selaku kadus andulan dan bula selaku kadus borai,yang membentuk sebuah desa pemekaran dan menetapkan batas wilayah pada tahun1989,pada tanggal 29 september 1989,lahirlah desa pongko dan resmi memisahkan diri dari desa salutubu.